Мюриды, возглавляемые имамами Кази-Муллой и Шамилем, претендовали на власть в обширном регионе, куда входили Дагестан, Чечня, Авария и Осетия. Центр этого движения находился в Турции. Мюриды объявили войну «неверным», которыми оказывались даже не столько русские, сколько мусульмане, не являющиеся приверженцами шариата. Местные жители сопротивлялись имамам, т.к. это тоже угрожало их независимости, но в силу многих причин, в том числе и из-за недовольства российской политикой, шариатское мусульманство стало преобладающей (наряду с христианством) верой на Кавказе.
Таким образом, крестьяне и скотоводы Аварии, Дагестана или Чечни оказались между двух огней: за связь с мюридами их карали русские, за подчинение русским наказывали «свои». «Мирные» и «немирные» одинаково страдали от поборов и насилия.
В этот момент главнокомандующим Кавказской армии и наместником стал генерал-адъютант князь А. И. Барятинский. Вступив в управление краем, по всему пространству которого велась нескончаемая война, новый наместник сразу же доказал, что он вполне достоин своего назначения. Единство действий, направленных к одной общей цели, неуклонная последовательность в ведении их, выбор таких сподвижников, как Д. А. Милютин и Н. И. Евдокимов, — все это увенчалось блестящими результатами. Планомерными действиями Барятинский смог добиться того, что опорная база Шамиля сокращалась до тех пор, пока горный властитель не оказался загнанным в аул Гуниб.
Гора Гуниб представляет собой природную крепость. Возвышающаяся над окружающими ущельями на 200—400 метров, она имеет на большей части периметра практически отвесные склоны в верхней своей части. Простирающаяся с востока на запад на 8 километров и с севера на юг до 3 километров, она значительно суживается и понижается к восточной части. Вершина горы представляет собой продольную ложбину, вдоль которой протекает ручей, в восточной части плато падающий вниз, к реке Каракойсу, несколькими водопадами с высоты десятков метров. Селение Гуниб, где поселился Шамиль, располагалось в самой восточной оконечности горы. Единственный путь к аулу и на вершину плато — крутая тропа, поднимавшаяся от Каракойсу вдоль ручья на восточную наиболее пологую часть горы.
Хотя гора Гуниб и являлась серьёзным природным укреплением, не следует переоценивать её неприступность в условиях, сложившихся к августу 1859 года. При наличии у Шамиля нескольких тысяч воинов и нескольких месяцев на укрепление позиции, он, возможно, сумел бы превратить Гуниб в действительно неприступную цитадель. Но у него не было ни того, ни другого. Тем не менее защитники Гуниба укрепили наиболее удобные для подъёма участки горы завалами из брёвен, приготовили по краям плато груды камней, которые собирались обрушить на штурмующих, и выставили часовых по всему периметру, чтобы не допустить неожиданного нападения. Периметр вершины горного плато достигал 20 км, для обороны которого у Шамиля было не больше 400 человек с 4 пушками. Среди защитников Гуниба были жители села, преданные Шамилю мюриды из других областей, а также некоторое число дезертиров из русской армии, составлявших, в основном, штат артиллерии.
Окружение Гуниба Кавказской армией началось 22 августа. Прибывавшие войска занимали позиции у подошвы плато и постепенно смыкали кольцо с тем расчётом, чтобы артиллерийский огонь осаждённых не мог достать их позиций. По завершении окружения Гуниба командованием Кавказской армии предпринимались попытки путём переговоров склонить Шамиля к сдаче. Переговоры, однако, ни к чему не привели, и Барятинский не без оснований полагал, что Шамиль ведёт их исключительно с целью выиграть время до осенних холодов, когда лишившаяся припасов русская армия вынуждена будет снять блокаду. Путей к мирной развязке событий практически не оставалось.
Вечером 6 сентября части, расположенные у восточной оконечности горы предприняли ложную атаку, сопровождавшуюся барабанным боем, криками «ура» и сильной ружейной и артиллерийской стрельбой. Осаждённые, решившие, что русские пошли на решающий приступ стали стягиваться к восточному склону. Этим воспользовались штурмовые команды на всех других направлениях. Под прикрытием звуков боя с помощью лестниц и верёвок они подобрались как можно ближе к вершине Гуниба. К тому времени, когда всё стихло, нескольким командам осаждающих удалось закрепиться у самой вершины плато.
Перед рассветом 7 сентября на южном направлении передовая группа Апшеронского полка захватила один из сторожевых постов. Одновременно с апшеронцами по восточной отвесной стене поднялись на вершину и закрепились на окраине аула части Ширванского полка.
Сторожевые посты осаждённых по всей горе, узнавая о прорыве и опасаясь быть отрезанными от основных сил, начинали отходить к аулу. Отступил к селению и отряд под командованием Шамиля, защищавший восточный пологий склон. В это время и на северный обрыв горы поднялись передовые части Грузинского гренадерского и Дагестанского конно-иррегулярного полков.
Защитники Гуниба заняли позиции за завалами в самом селении, на приступ которого шли батальоны Ширванского полка, которых поддерживали занесённые на скалы 4 орудия. Бои на окраинах селения стали наиболее ожесточёнными. Здесь полегла большая часть сторонников Шамиля, и здесь же Кавказская армия понесла самые серьёзные потери за всё время штурма.
К 9 часам с западной стороны на Гуниб поднялись части Дагестанского полка, и практически вся гора была в руках штурмующих. Исключение составляли несколько построек в самом ауле, где укрылись Шамиль и 40 оставшихся в живых мюридов.
К 12 часам на Гуниб поднялись генерал Барятинский и другие военачальники. К Шамилю снова был направлен парламентёр с предложением прекратить сопротивление. Видя полную бессмысленность дальнейшего кровопролития, около 4—5 часов пополудни Шамиль во главе конного отряда в 40—50 мюридов выехал из аула и сдался Барятинскому. Долгая и кровавая Кавказская война закончилась.
