Весь фильм разворачивается вокруг одной большой темы вопроса самопожертвования и жизненного выбора. В самом начале Питера увольняют (хотя в Bugle быстро восстанавливают) с двух работ: 1) курьера, потому что он не может пройти мимо проблем города и постоянно опаздывает с заказами; 2) фотографа, потому что он не желает жить одним Человеком-пауком и предлагает Джеймсону творческие снимки, которые тот тут же отвергает. Через несколько минут на экране будет один простой, но очень говорящий план: выбор между парадным костюмом и костюмом супергероя. Очевидная демонстрация двойственной жизни Питера, которая обозначает внутренний конфликт персонажа.
Из-за Человека-паука у Паркера возникают проблемы и на личном фронте: с Мэри Джейн не получается завести нормальные отношения из-за его деятельности, а Гарри, так или иначе, перестает доверять другу, который утаивает, как он считал, от него информацию, кто именно убил его отца. Эти линии выстрелят на 28-й и 58-й минутах соответственно, причем через одинаковый прием. 1) Питер расстраивает ЭмДжей и узнает, что у нее другой мужчина, падает с большой высоты, потому что сомневается в себе и от этого перестают работать его способности; 2) Питер у всех на виду ссорится с Гарри, поскольку тот срывается на него из-за вполне обоснованных обвинений в его адрес, падает с большой высоты все по той же причине. Оба раза соседствующие сцены показываются так, что понятно на подсознательном уровне: Паркер не хочет быть Человеком-пауком, от этого у него нет нормальной жизни, он буквально устал их совмещать.
Параллельно с этим зрителю доносится, что против Человека-паука настроена приличная часть жителей Нью-Йорка, читающая негативные заметки о нем в Daily Bugle. Мотивация быть Пауком у него сводится к нулю, он углубляется в размышления о том, нужно ли ему это вообще, и, спустя два разговора (один с важным для него образом дяди Бена) делает вывод: нет, не нужно. Питер Паркер хочет быть Питером Паркером.
Жизнь, казалось бы, налажена. Питер начинает хорошо учиться в университете, занимается чем пожелает и дает понять ЭмДжей, что все еще любит ее (надежда на возобновление их отношений все еще очень даже есть). Но вместе с этим происходят четыре события, которые служат катализатором к возвращению деятельности Человека-паука: 1) прямо перед ним на улице избивают человека; 2) он видит, что преступность с момента его отставки выросла на 75%; 3) он чудом спасает в пожаре девочку, но упускает возможность спасти еще одного, что он наверняка бы сделал Человеком-пауком; 4) Происходит разговор с тетей Мэй, которая сообщает важную для Паркера вещь: людям нужны герои вроде него.
Он идет на крышу испытать свои способности, что, само собой, отсылает к первой части, когда он только становился супергероем. Питер проговаривает себе, что он должен совершить камбэк, потому что он этого хочет, но проваливается. Как раз по той причине, что он этого не хочет. Жизнь Человека-паука не привилегия для него, что будет сказано и финальной сцене с Октавиусом. Такая жизнь приносит ему лишь одни проблемы, из-за которых он не может даже поддерживать нормальные отношения с близкими ему людьми.
Возвращение случится, как бы забавно это ни было, благодаря Гарри и Доктору Осьминогу. Когда последний из-за похищает Мэри Джейн, он больше не может это терпеть. Паркер вновь становится Человеком-пауком. Но не потому, что он этого хочет, а потому, что он должен. Выбор у него по-прежнему есть, и он его делает, принося в жертву свою личную жизнь и смирясь с тем, что с ней всегда будут проблемы.
Этот момент нагнетали практически полтора часа, из-за чего он, собственно, и смотрится так эпично. Фактически перед сценой схватки Паука и Осьминога и того, что происходит параллельно, у Сэма Рэйми ушло пять актов истории, если брать в расчет картину 2002 года. Они, что самое крутое, смотрятся органично как в одной связке, так и отдельно друг от друга. Если попробуете посмотреть вторую часть без первой, все равно поймете каждый внутренний конфликт героев. Это, пожалуй, и есть умение рассказывать историю.
