19 апреля 1943 года постановлением Государственного комитета обороны СССР было создано легендарное управление советской военной контрразведки «СМЕРШ». В качестве названия организации была принята аббревиатура от лозунга «Смерть шпионам».
Главное управление контрразведки (ГУКР) «СМЕРШ» было преобразовано из бывшего Управления особых отделов НКВД СССР с передачей в ведение Народного комиссариата обороны СССР.
Начальником ГУКР «СМЕРШ» стал комиссар госбезопасности (ГБ) 2‑го ранга Виктор Абакумов, руководивший Управлением особых отделов.
Заместителями руководителя «СМЕРШ» стали комиссары ГБ Николай Селивановский, Павел Мешик, Исай Бабич, Иван Врадий. Кроме заместителей, начальник ГУКР имел 16 помощников, каждый из которых курировал деятельность одного из фронтовых Управлений контрразведки.
Главное управление «СМЕРШ» подчинялось непосредственно Иосифу Сталину как председателю Государственного комитета обороны.
Одновременно на базе 9‑го (морского) отдела НКВД было создано подразделение «СМЕРШ» на флоте — Управление контрразведки Народного комиссариата Военно-морского флота СССР. Управление контрразведки ВМФ возглавил комиссар ГБ Петр Гладков. Подчинялось подразделение наркому флота СССР Николаю Кузнецову.
15 мая 1943 года для агентурно‑оперативного обслуживания пограничных и внутренних войск и милиции приказом НКВД СССР был создан Отдел контрразведки «СМЕРШ» НКВД СССР, начальником которого стал комиссар ГБ Семен Юхимович. Подчинялось подразделение заместителю председателя Совнаркома СССР Лаврентию Берии.
В целях конспирации сотрудникам всех трех ведомств «СМЕРШ» надлежало носить форму одежды и знаки различия воинских частей и соединений, ими обслуживаемых.
Основными задачами органов контрразведки «СМЕРШ» были борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии и ВМФ, а также в тылу.
Главными противниками «СМЕРШ» в его контрразведывательной деятельности были немецкая служба разведки и контрразведки Абвер (Abwehr), полевая жандармерия (Feldgendarmerie), Главное управление имперской безопасности (РСХА), а также финская, японская и румынская военные разведки.
На передовой смершевцы были призваны препятствовать переходу через линию фронта вражеских агентов. В ведение особистов «СМЕРШ» входило также выявление случаев дезертирства и осознанного членовредительства, перехода советских военнослужащих на сторону противника.
В зоне боевых действий накануне наступательных операций органы «СМЕРШ» прочесывали военные гарнизоны, населенные пункты с прилегающими к ним лесными массивами, производили осмотр заброшенных и нежилых помещений с целью обнаружения возможных диверсантов и дезертиров.
«СМЕРШ» активно работал по линии розыска, задержания и следствия по делам советских граждан, выступавших на стороне врага в составе подразделений «добровольных помощников» вермахта (Hilfswilliger), а также антисоветских вооруженных формирований, таких как Русская освободительная армия (РОА), «бригада Каминского», 15‑й казачий кавалерийский корпус СС, «национальные батальоны».
Все производимые сотрудниками «СМЕРШ» аресты военнослужащих в обязательном порядке согласовывались с военными советами и прокуратурой, для ареста высшего состава требовались санкции наркомов обороны, ВМФ и НКВД. Задержание рядовых военнослужащих и младшего начсостава в экстренных случаях могло проводиться контрразведчиками без предварительного согласования.
Органы «СМЕРШ» не могли приговорить кого‑либо к тюремному заключению или расстрелу, так как не являлись судебными органами. Приговоры выносил военный трибунал или Особое совещание при НКВД. «СМЕРШ»евцы при необходимости призваны были лишь обеспечить охрану и конвоирование арестованных.
В распоряжении ГУКР «СМЕРШ» находились подразделения, отвечающие за шифросвязь, а также за подбор и подготовку кадров для военной контрразведки, в том числе — за двойную вербовку выявленных вражеских агентов.
С 1943 года до окончания войны центральным аппаратом ГУКР «СМЕРШ» и его фронтовыми управлениями было проведено 186 радиоигр, во время которых разведчики, выходя в эфир с захваченных радиостанций, дезинформировали противника. В ходе этих операций было выявлено и арестовано свыше 400 агентов и официальных сотрудников немецко‑фашистских разведывательных органов, захвачено десятки тонн грузов.
Сотрудники «СМЕРШ» вели контрразведывательную работу на стороне противника, вербовались в школы Абвера и другие спецорганы гитлеровской Германии. В результате военные контрразведчики получали возможность заблаговременно выявлять планы противника и действовать на опережение.
Особую роль советские разведчики сыграли в срыве летом 1943 года немецкой наступательной операции «Цитадель», получив и переправив в Центр данные о развертывании крупных танковых сил противника в районе Орла, Курска и Белгорода.
Военные контрразведчики постоянно находились в боевых порядках войск, не только выполняли свои прямые обязанности, но и непосредственно участвовали в боях, нередко в критические моменты принимали на себя командование ротами и батальонами, потерявшими своих командиров.
Органы «СМЕРШ» занимались разоблачением вражеских агентов на освобожденных территориях, проверяли благонадежность советских военнослужащих, бежавших из плена, вышедших из окружения и оказавшихся на оккупированной немецкими войсками территории. С переносом войны на территорию Германии на военную контрразведку были также возложены обязанности по проверке гражданских репатриантов.
Накануне Берлинской наступательной операции в Управлении контрразведки «СМЕРШ» были созданы специальные оперативные группы по числу районов Берлина, в задачу которых входил розыск и арест руководителей германского правительства, а также установление хранилищ ценностей и документов, имеющих оперативное значение. В мае‑июне 1945 года берлинская опергруппа «СМЕРШ» обнаружила часть архивов РСХА, в частности, материалы с информацией по вопросам внешней политики фашистской Германии и сведениями о заграничной агентуре. Берлинская операция «СМЕРШ» помогла захватить видных деятелей нацистского режима и карательных ведомств, части которых впоследствии были предъявлены обвинения в совершении преступлений против человечества.
В современной истории деятельность подразделения военной контрразведки «СМЕРШ» оценивается неоднозначно. Однако общепризнанным итогом существования ГУКР «СМЕРШ» стало полное поражение разведок Германии, Японии, Румынии и Финляндии во Второй мировой войне.
В мае 1946 года в рамках общей реформы, проходившей в наркоматах госбезопасности и внутренних дел, органы контрразведки «СМЕРШ» были реорганизованы в особые отделы и переданы в ведение вновь созданного министерства государственной безопасности (МГБ) СССР.